在这十年，俱乐部赢得了它的第七和第八次欧洲冠军杯。皇马在20世纪90年代末又一次登上了欧洲冠军宝座，即使对白军来说前半段的征战中不太顺利，其中有两个联赛对阵特内里费都错失了冠军。

　　今天，2007年3月6日，皇马庆祝其105周年。2000年在罗马举行的会议上，国际足联选出皇家马德里为20世纪乃至世界足球史上最佳俱乐部。获得此殊荣后的5年，球队继续胜战累累，白衣军团正写下生命新篇章，重回昔日风光，把皇马向世界足坛的中心推进。

　　尽管门多萨仍有一年的在任，门多萨主席把选举提前到1991年4月14日。他的竞选对手是作家Alfonso Ussía，虽然其财力缩减但其结果还是值得荣耀的。门多萨竞选成功为其赢得了又一个4年的主席之位。

　　赛季中旬门多萨辞去主帅Antic。同时，由一位塞尔维亚教练带领皇马在1991/92赛季有7分领先的成绩。随后被荷兰领队Leo Beenhakker替代， 这为荷兰领队几个星期前刚成为俱乐部技术总监。球队在荷兰主教练任教期间，在赛季最后一场比赛输掉了联赛冠军。翌年重演了同样的赛果，痛失奖杯，这期间由Benito Floro领队。在同一地方同样是最后一场赛两次输掉了冠军，特内里费的金丝雀岛被皇马人戏称为诅咒岛。

　　圣地亚哥伯纳乌球场在1992年2月7日开始翻新工程，用了两年时间于1994年5月7日改造完毕。工程耗资超过50亿比塞塔（3千万欧元），包括3亿比塞塔（180万欧元）用于翻新期间建筑工人和现场观众的保险费用。

　　作为特内里费主教练，带领球队从皇马手中勇夺两次联赛冠军和国王杯冠军之后，巴尔达诺与皇马签署了主教练协议，将白衣军团领回成功之路，并且重新夺回失落了四年的联赛冠军。这名阿根廷主帅在其执教球队的第一季就做到了，所有皇马迷在赛季末都一直喊着胜利的赞歌。

　　拉蒙门多萨在1995年11月20日递交辞呈，结束俱乐部10年半的主席生涯。接任他的是桑斯，根据俱乐部章程第49条，被11位董事局常任理事按权利交接选为继任人。

　　1996年5月20日桑斯任卡佩罗为皇马主教练。这名意大利教练曾带领AC米兰队在5个赛季获得成功，此出色战绩吸引了皇马将其纳入麾下，并其在他率领下皇马赢得1994年欧洲杯冠军。虽然卡佩罗仅在1996/96赛季执教球队，他也成功为球队夺得联赛冠军。

　　打完一轮表现不太出色的国内比赛后，主教练海因克斯（Jupp Heynckes） 带领球队赢得一个迫切期待的欧洲冠军杯（上一次赢得欧冠是在1966年，32年前）。场地：阿姆斯特丹体育场；时间：1998年5月20日。银河战舰征服了他们的第七个欧洲最高奖杯－欧洲冠军杯，现任体育总监的米贾托维奇的进球帮助皇马获胜，那天晚上对阵的是大热门意大利巨人尤文图斯。

　　在赛季线月Juan Antonio Camacho出人意外地提出了辞呈，此时由古斯·希丁克接手带队，率领皇马夺得第二次洲际杯冠军。在东京的决赛劳尔一个非常精彩的射球打破平局，为白色军团打成2:1成功夺杯。

　　在赛季中期博斯克接手John Benjamin Toshack作为皇马主教练，并一路带领皇马战士举起第八个欧冠杯和第二个西甲冠军。场地相当宏伟：新建球场巴黎圣德尼在2000年5月24日主办了有史以来第一次西班牙决赛，也是第一次欧冠杯决赛，而且决赛的两支球队来自相同的国家。这是一场充满活力的比赛，我们看到马德里最终以3比0战胜瓦伦西亚。这是20世纪最后一个欧洲冠军杯，它是属于这支白色军团的。

　　2000年7月16日民意投票击败对手桑斯，佛洛伦蒂诺佩雷斯再次被选为皇马主席。佛洛伦蒂诺成功的竞选活动基于两点：摆脱过去和所有俱乐部的债务；签约世界最佳球员。

　　2000年12月11日国际足联在罗马举行的晚会上，佛洛伦蒂诺佩雷斯和俱乐部名誉主席Alfredo di Stéfano参加了授予仪式，皇马被认为是20世纪最佳俱乐部。